债转股的实施，自然会重新提出有关分业经营体制和全能银行体制的思考。目前，我国采取的是分业经营体制，然而，各家银行建立了资产管理公司，该公司可涉足相当一部分投资银行业务。表面上看，这类似于通过防火墙解决了分业经营体制下商业银行涉足投资银行业务的一种制度安排，但从理论和实践产生的冲击看，许多问题并没有真正解决。商业银行法规定分业经营，商业银行不得投资实业和其他非银行金融机构。但是债转股后，银行或其资产管理公司持有某些实业公司的股份，这种客户会提出将其自身的存款、贷款、支付以及清算、持股融资等业务配套的需求。客观上，资产管理公司可以和银行之间配合起来，向客户提供全方位的服务。这实际上动摇了分业经营的理念。
实践中的制度安排有两种情况，一种是严格的不准越雷池一步的分业经营；一种是有防火墙的分业经营。通过资产管理公司似乎是对商业银行和投资银行业务做了一种有防火墙的制度安排，但从债转股本身来看，贷款本来是商业银行的，因此债转股后股权应该是商业银行的。从商业银行恢复贷款本身的动机来看，商业银行希望通过债转股改善其收益，但是如果在这中间插入另一个机构，就蕴含着一定的相互脱节而不负责任的道德风险。因此，为了从制度上避免这种道德风险，还必须在商业银行和资产管理公司之间构造某种紧密联系，而不是让两个机构离得越远越好。
从更广的角度看，金融机构都是进行金融中介服务的。从社会上的情况看，有人提供存款或投资的资金供给，有人有贷款或吸收股本金的融资需求，因此金融中介的作用就在于为相应的需求和供给提供中介，达到平衡供求和资源配置的效果。如果市场出现失衡，例如企业明明需要股本金和贷款两种融资，但是现有的金融中介却告诉企业只能提供贷款，按说作为金融中介的金融机构此时就必须进行业务调整，用新的金融中介产品使市场供需达到平衡。在金融机构体系比较发达的市场上，例如在美国，商业银行和投资银行都比较发达，这种平衡能够通过此消彼长来达到。但是从新兴市场和转轨经济的情况看，想通过机构间的此消彼长来调节会用很长的时间。人们会考虑可否让现存的机构去做它们的金融中介产品，这就导致了重新思考。
债转股导致了金融机构资产负债表的资产方出现变化，将原先一部分的贷款资产变成了实业投资、实业股权。随后它需要对银行的负债方进行相应的调整。从商业银行的资产负债表来看，负债方的大部分是居民或机构存款，自有资本只占8%左右，银行资本中还有相当一部分已用于银行自身固定资产。如果债转股做了几宗，意味着银行已经在利用居民或者机构的存款进行实业投资。这样，不论从风险角度还是从资产负债的匹配角度来看，都会出现较大的风险隐患。因此，在资产方因债转股而进行调整的同时，必须对负债方进行相应的调整，例如开发出售投资基金产品，或者像欧洲一些银行那样，接受养老基金或者保险基金的委托。这样，负债方的调整才能与资产方发生的债转股调整相匹配。
