自贸区战略聚焦制度创新，重点在于优化城市发展的制度环境。
以经济特区促进城市经济发展，是之前30多年中国经济发展的重要特征。经济特区之核心在于政策的特殊性与地域的相对隔离性，这意味着“政策洼地”只能出现在特定的区域，即很多优惠政策只能在特区中实现。特殊政策尤其是特殊的税收优惠降低了企业成本和税负，形成了经济特区的发展动力，也奠定了经济特区率先发展的制度基础。
然而，由优惠政策驱动的发展主要是鼓励城市以税收优惠政策促进规模化生产，而当经济整体进入创新驱动发展新阶段时，这类政策就难以发挥作用。这也是中国城市经济在转型升级中遭遇到的关键瓶颈，而要突破这一瓶颈，推动高端生产要素的集聚和高端产业的发展，就需要以制度创新推动各项创新，包括技术创新、产业创新、市场机制创新、金融创新等等，最终形成有利于高端生产要素集聚和高端产业发展的制度环境。如金融改革开放的滞后使中国缺乏有效的资源配置能力，大量创新资源缺乏定价机制，难以产生集聚的内生动力。为此，上海、广东等自贸试验区均把加快金融制度创新作为一大主题，探索金融对贸易、投资以及制造生产的服务和支撑途径。同时，制度创新的另一方面是完善法制，建立与更高水平开放相适应的规则体系。比如，上海自贸区暂停执行涉外三部法律中的相关内容，自贸区管理规定就体现了法制创新。
