中国保税区管理体制在保税区的发展中，起到了积极促进的作用，另一方面随着保税区发展环境和形势的变化，也渐渐暴露出不足和发展中的弊病：
首先，中国保税区的管理体制仍属于行政式的。管理委员会作为政府部门，是保税区所在地政府派出机构，对保税区进行全面的行政管理。但保税区管理委员会或管理局与保税区所在地政府职能部门的职权划分不清，多头管理，管委会与开发公司实施两块牌子、一套人马。这是中国目前较多的保税区实施的体制：权力分散、政企合一。同时管委会以当地政府的名义行使权限，必然被繁杂琐碎的行政管理程序掣肘，效率低下。
其次，海关是国家的进出口关境监督管理机关，是代表国家行使监督管理的权利。此外保税区存在其它多头管理包括商检管理、税务管理、工商管理、外汇管理、公安管理、边检管理等。以上各部门驻保税区均设立分支机构，按各自的行政管理权限对区内经营活动进行相应的管理。这些在保税物流园区内行使各自监管职责的部门如海关、检验检疫、边检、海事、海洋、国税、外汇等都是中央垂直领导的部门，即使是工商、质量技术监督、地税、药监、国土资源等部门也是省以下实行垂直领导。管委会作为当地政府的派出机构如何组织协调这么多“中央军”和“宪兵部队”也是个大问题。由于保税物流园区管委会不具备独立的行政主体资格，导致管理不能。在实际管理过程中这种多头管理更使得各部门之间难以协调，表现在出口退税政策、增值税政策、贸易政策、外汇政策与地方性的法规授予保税区行政职权政策等相互矛盾抵触，使得管理难以统一。
