资料显示，国内设定保税区的最初目的主要是为了改善投资环境，以最大化利用外资和技术引进。
国内最早一批综合保税区来自“改革开放的试验田”深圳。1987年12月深圳市政府在沙头角口岸附近建立了深圳市沙头角保税工业园，1990年2月又创立了深圳市福田保税工业区。
而严格意义上的保税区是指在本国领土上，国家关税区外的一个特定封闭区域，区内全免关税，境外人员、货物进出自由。
1990年6月，国务院批准设立新中国第一个保税区——上海外高桥保税区。
1992年3月10日，上海外高桥保税区通过海关总署和上海海关组成的验收小组验收，正式启用。
随着经济发展，目前中国已建有上海外高桥、天津港、深圳福田、沙头角和盐田港、大连、广州、张家港、海口、厦门象屿、福州、宁波、青岛、汕头、珠海等15个保税区，主管部门是海关总署。
