长期以来，我国环保管理体制具有比较强的地方性和分散性，人员由地方任命，财政也来源于地方。这一体制在实践中容易导致地方保护主义，对地方政府及其相关部门的监督责任难以落实，也不利于统筹解决跨区域、跨流域环境问题。“十三五”规划《建议》提出，实行省以下环保机构监测监察执法垂直管理制度。这是对环保管理体制的一项重大改革，有利于加大环境治理力度，以提高环境质量为核心实行最严格的环境保护制度，形成政府、企业、公众共同参与的环境治理体系。
有利于提高政府监管效能。环保垂直管理能够更好约束地方政府行为。我国国土辽阔，区域生态多样，与地方相关的环境利益关系复杂。要让环保法律和政策在各地得到严格贯彻落实，就需要加强相关政府部门责任，隔离环保管理权力与地方利益，强化监测监督力度，遏制地方保护主义，增强执法效率。实行环保垂直管理有利于打破环境保护分割分治局面，调整不同地方环境利益冲突，满足生态系统整体保护要求。比如，针对近年来一些地方环评技术服务市场“红顶中介”现象，环保垂直管理要求限期完成环评机构脱钩改制，规范环评技术服务市场，深化环评审批改革，加强权力运行监督，防止不当利益输送。
